С 1923 г. начинается дальневосточный период жизни и деятельности Я. Б. Гамарника, очень насыщенный и плодотворный. Вызванный из Киева в Москву, он вышел из Центрального Комитета партии с мандатом уполномоченного ЦК РКП(б) по Дальнему Востоку, совсем недавно освободившемуся от иностранных интервентов и белогвардейцев. Новая власть в наследство получила пустые кассы, разгромленное хозяйство и полную дезорганизацию жизни в городах и сельской местности. На испытанного партийца с большим опытом партийной, советской и военной работы возлагались большие надежды. Год и три месяца он был председателем Приморского губернского исполкома. Одновременно являлся председателем губернского экономического совещания (ЭКО), редактором журнала «Экономическая жизнь Приморья». Ему приходилось заниматься всеми вопросами, касающимися жизни самой отдаленной территории молодого советского государства.

В июне 1924 г. ВЦИК назначил Я. Б. Гамарника председателем Дальневосточного революционного комитета (Дальревкома). Тридцатилетний Я. Б. Гамарник стал «главным начальником» Дальнего Востока. Его назначение совпало с переносом дальневосточной столицы из Читы в г. Хабаровск, передислокацией властных, административных, силовых структур к новому месту работы; завершением процесса принятия от японцев Северного Сахалина и включения его в состав Дальневосточной области. Я. Б. Гамарник непосредственно участвовал в переговорах с официальными лицами и предпринимателями Японии. В длинной цепи задач, не терпящих отлагательства, Я. Б. Гамарник выделил основное звено – укрепление Советской власти на Дальнем Востоке, повышение её авторитета среди дальневосточников, формирование работоспособного аппарата. Под руководством Я. Б. Гамарника и при его непосредственном участии был разработан десятилетний план колонизации и капитального строительства советского Дальнего Востока, проведёны: Туземный съезд ДВО (1925), первый съезд Советов ДВК и конференция по изучению производительных сил Дальнего Востока (1926); успешно работало областное бюро «Долой неграмотность», председателем которого он являлся.

В конце 1928 г. Я. Б. Гамарник был направлен в Белоруссию, избран первым секретарем ЦК партии Белоруссии; в октябре 1929 г. назначен начальником Политуправления РККА и членом реввоенсовета Союза ССР. Не однажды ему ещё придется побывать на Дальнем Востоке. По результатам его командировки (1930) будет принято постановление «О состоянии экспорта на Дальнем Востоке». В 1931–1932 гг. он возглавлял комиссию по выбору места для строительства заводов оборонного значения (г. Комсомольск-на-Амуре).

Я. Б. Гамарник был разносторонней личностью. К. Е. Ворошилов, работавший рядом с ним, писал, что он «знал и любил художественную литературу, видно было, что он следил за новинками в этой области. Любил и серьезно разбирался в вопросах искусства. В свободное время (которого было так мало) он старался побывать в театре, посмотреть новую постановку, посещал все выставки». Он постоянно занимался самообразованием, рационально использую время продолжительных командировок на Дальний Восток. Высоко ценя силу эмоционального, художественного воздействия литературы и искусства, он энергично поддерживал культурно-просветительскую работу в Вооруженных силах страны, заботился о создании её материальной базы. С именем Я. Б. Гамарника связаны истории с Ансамблем песни и пляски под руководством А. В. Александрова, который он взял под свою защиту и покровительство; с созданием театра Красной Армии в Москве, появлением самодеятельных театральных коллективов в военных округах, в т. ч. и на Дальнем Востоке.

В период массовых репрессий он был отстранен от работы в наркомате обороны. 31 мая 1937 г. Я. Б. Гамарник покончил жизнь самоубийством.